Genetische Daten in Echtzeit verfügbar

Genetische Daten in Echtzeit verfügbar (Nicola Hauptmann)

Genome Center Genf

Das „Health 2030 Genome Center“ in Genf nutzt skalierbare Speichertechnologien, um Krankenhausärzten und Forschern schnellen Zugriff und Analysen in Echtzeit zu ermöglichen.

Die Genom-Medizin ermöglicht schnellere und präzisere Diagnosen sowie individuell angepasste Therapien. Gerade seltene Krankheiten, die genetisch bedingt sind, können mithilfe von Genomsequenzierungen diagnostiziert werden. Aber auch in der Krebsdiagnostik, -therapie und -prävention spielt die Technologie eine wichtige Rolle.

Die Möglichkeiten der Sequenzierungstechnologie voll auszuschöpfen und effizientere Behandlungen für Patienten zu ermöglichen, ist auch ein Ziel der Spezialisten am Genome Center in Genf. Bedingung dafür ist eine leistungsstarke und effiziente Speicherlösung für die wachsenden Mengen an unstrukturierten Daten. Zudem müsse die Speicherlösung skalierbar sein, wie Arnaud Hungler, Leiter der IT-Infrastruktur des Genome Center, erläutert: „Wir müssen immer mehr DNA-Proben sequenzieren und analysieren, was eine signifikante Menge an Daten bedeutet. Je nach den Projekten, die wir durchführen, kann unser Speicherbedarf sehr schnell von null auf 200 Terabyte ansteigen und auch wieder zurückgehen.“ Die Infrastruktur müsse in der Lage sein, sich entsprechend anzupassen.

Das Genome Center hat dafür eine Speicherplattform für „Unified Fast File and Object“ (UFFO) gewählt, die vom Anbieter Pure Storage als Storage-as-a-Service bereitgestellt wird. UFFO verbindet zwei Speicherformen in einer Lösung: File-Storage und Objekt-Storage. Während beim File-Storage die Daten in Form von Dateien in einem hierarchischen Verzeichnis gespeichert werden, legt ein Objektspeicher die Daten zusammen mit Metadaten und einem automatisch generierten Identifikator jeweils als „Objekte“ in einer flachen Umgebung ab, in sogenannten Speicherpools. Diese lassen sich auf mehrere Speichergeräte verteilen und sind somit gut skalierbar.

Mit der neuen Speicherlösung seien die Analysedaten zehnmal schneller auf der Plattform verfügbar, auf die auch Forscher und Krankenhausärzte  zugreifen, berichtet Arnaud Hungler, die Übertragungsgeschwindigkeiten hätten sich verdoppelt. „Krankenhausärzte können die auf unserer Schnittstelle gespeicherten Daten in Echtzeit analysieren, ohne sie selbst herunterladen zu müssen. Sie sind auf diese Weise in der Lage, Patienten schneller und einfacher zu diagnostizieren", so Hungler.

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Stand vom 30.10.2020

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